10 conseils pour améliorer son microbiote intestinal naturellement

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La recherche ne cesse de faire de nouvelles découvertes sur le fonctionnement de notre microbiote et son rôle crucial pour la santé. Il est devenu évident qu’une flore intestinale équilibrée a un impact positif sur la digestion, l’immunité, l’humeur, l’inflammation ou encore notre poids. Pourtant, notre mode de vie moderne peut perturber ce précieux écosystème. Comment faire pour améliorer naturellement la santé de notre microbiote intestinal  ?

Qu’est-ce que le microbiote intestinal ?

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© Getty Images - Le microbiote est composé de milliers d’espèces de bactéries, de virus et de champignons différents.

Notre système digestif abrite des milliards de micro-organismes qui constituent notre flore intestinale, aussi appelée le microbiote. Il s’agit de milliers d’espèces de bactéries, de virus et de champignons différents. Chaque personne possède un microbiote unique, un peu comme une empreinte digitale. Sa composition dépend de nombreux facteurs : du transfert de la mère au bébé à la naissance, de l’alimentation, des expositions environnementales, des médicaments pris au cours de la vie, etc.

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Ce qui fragilise notre microbiote au quotidien

Plusieurs facteurs peuvent modifier la population de bactéries intestinales, voire perturber l’équilibre entre les bactéries intestinales bénéfiques et les bactéries intestinales nocives :

  • Alimentation ultra-transformée et pauvre en fibres : ce type de régime nuit à la diversité microbienne. Une alimentation trop grasse et trop sucrée pendant l’enfance peut même altérer votre microbiote à vie. Même si vous apprenez plus tard à manger sainement. 
  • Antibiotiques : La prise répétée d’antibiotiques attaque les bonnes bactéries du microbiote, parfois durablement.
  • Sédentarité : un mode de vie sédentaire réduit la diversité du microbiome
  • Alcool : l’alcool augmente la perméabilité intestinale et favorise la prolifération des mauvaises bactéries.
  • Stress chronique et manque de sommeil : ils perturbent l’axe intestin-cerveau et peuvent affecter l’équilibre de la flore.
  • Hygiène excessive : vivre dans un environnement trop aseptisé et avoir un contact limité avec la nature limite l’exposition à des microbes bénéfiques qui pourraient enrichir la diversité de notre microbiote.

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Conséquences d'un microbiote intestinal fragilisé

Quand l’équilibre entre les « bonnes » et les « mauvaises » bactéries intestinales est rompu, le microbiote se dérègle,  on parle de dysbiose. Ce déséquilibre fragilise la barrière intestinale, normalement étanche. L’intestin devient perméable, un peu comme un filtre abîmé, laissant passer dans le sang des particules indésirables. Le système immunitaire se met alors en alerte constante, provoquant une inflammation chronique. Cette inflammation silencieuse peut, à la longue, favoriser l’apparition de troubles comme l’asthme, l’eczéma, le surpoids, le diabète, ou même certaines maladies neurodégénératives comme Alzheimer.

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10 conseils pour améliorer votre microbiote naturellement

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Kéfir

1. Des aliments fermentés au menu tous les jours

Les aliments fermentés contiennent des bactéries vivantes bénéfiques pour la digestion. Ils favorisent un microbiote plus diversifié et renforcent les parois intestinales. Le yaourt, le fromage (roquefort, camembert, munster, gruyère, etc.) le kimchi, le kéfir, le kombucha, la choucroute, les olives, les cornichons sont autant d’aliments bons pour la santé de votre microbiote. Une étude parue dans Cell (2021) a démontré qu’une consommation quotidienne d’aliments fermentés augmente significativement la diversité bactérienne de l’intestin. « Un pot de yaourt ou d'un autre produit fermenté de 150 à 200 g suffit. Il est préférable d’en manger dans les 10 à 15 minutes qui suivent la fin du repas principal. De cette manière, les germes survivent au contenu acide de l'estomac et passent en masse dans l'intestin grêle et le gros intestin », explique le Dr. Eric De Maerteleire, auteur de plusieurs ouvrages sur la santé et l'alimentation saine.

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2. Consommez des aliments riches en polyphénols

Les polyphénols sont des composés antioxydants naturellement présents dans les végétaux : on en trouve dans les fruits rouges, le thé vert, le cacao, l’huile d’olive, les oignons, le poivre noir, la cannelle, le gingembre, l'oignon, l'ail, le curcuma… Les résultats de plusieurs études suggèrent que consommer des polyphénols permet d’augmenter la population de bonnes bactéries et d’inhiber la croissance des mauvaises bactéries. De plus, les polyphénols auraient des effets prébiotiques. Ce qui signifie qu’ils peuvent servir de nourritures pour certaines souches de bactéries intestinales, favorisant ainsi la croissance. 

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3. Ajoutez plus de fibres à vos repas

Les fibres servent de prébiotiques, c'est-à-dire de nourriture pour les bonnes bactéries intestinales. Les chercheurs suggèrent que consommer plus de fibres dans notre alimentation favoriserait la croissance des bonnes bactéries et éliminerait les mauvaises, ce qui permettrait de réduire considérablement le risque de maladie. 

Essayez d'en consommer entre 21 et 38 g par jour. Les enfants ont besoin d’un apport proportionnel à leur âge, généralement entre 10 et 20 g par jour. On trouve des fibres dans les légumineuses, les céréales complètes, les légumes racines, les choux, le tofu, les baies, les légumes-feuilles, les noix et les graines.

4. Buvez suffisamment d’eau

Cela peut sembler évident, mais une bonne hydratation est cruciale pour la santé intestinale. L’eau facilite le transit intestinal et permet aux fibres de bien faire leur travail. Une hydratation suffisante favorise un environnement propice au développement des bonnes bactéries et aide à prévenir la constipation, qui perturbe l’équilibre du microbiote. Lorsque vous êtes constipé, votre microbiote intestinal se modifie et devient moins riche.

Évitez l’alcool. La consommation régulière d’alcool – même modérée – déséquilibre la flore intestinale. Elle favorise la prolifération de certaines bactéries nuisibles.

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5. Faites du sport

L’activité physique a un effet bénéfique prouvé sur le microbiote. Une revue publiée dans Nutrients montre qu’une pratique hebdomadaire de 150 à 270 minutes d’exercice modéré à intense (idéalement mêlant cardio et musculation) pendant au moins six semaines améliore la diversité bactérienne.

Nous savons déjà que les personnes sédentaires ont un microbiote intestinal différent de celui des personnes actives. Cette recherche suggère que, chez des personnes sédentaires, le simple fait de bouger 30 minutes par jour peut déjà avoir un effet sur le microbiote.

Dans le sens inverse, la bonne santé de votre flore intestinale influencerait vos performances et votre motivation à faire du sport.

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6. Faites de la méditation 

Le stress chronique perturbe l’équilibre de l’axe intestin-cerveau et peut déséquilibrer le microbiote. Une étude parue dans le BMJ General Psychiatry (2023) souligne que des pratiques comme la méditation ou la cohérence cardiaque améliorent la composition bactérienne et réduisent l’inflammation intestinale.

Voir aussi l'article : L’axe intestin-cerveau (AIC) : crucial pour l’humeur et le comportement

7. Dormez suffisamment

Le sommeil influence directement le microbiote. Un manque chronique réduit la diversité bactérienne et favorise les souches pro-inflammatoires. Le microbiote suit lui aussi un rythme circadien, et un bon sommeil (7 à 9 h par nuit à heure régulière) est indispensable à sa régulation.

8. Restez en contact avec la nature

La nature est une source de microbes bénéfiques. Marcher en forêt, jardiner, avoir un contact avec la terre ou les animaux de compagnie enrichit la flore microbienne de la peau, des poumons, mais aussi… de l’intestin ! Une exposition régulière à un environnement naturel favorise une plus grande diversité bactérienne, selon des travaux publiés dans Science Advances (2020).

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9. Surveillez votre hygiène bucco-dentaire

Le microbiote ne se limite pas à l’intestin : la bouche abrite elle aussi des milliards de micro-organismes. Le microbiote buccal est le deuxième plus grand écosystème microbien après le microbiote intestinal. Et les deux sont étroitement liés l'un à l'autre. Une mauvaise hygiène buccale peut entraîner une dysbiose, avec des répercussions sur le microbiote intestinal.

Un brossage régulier (2 fois par jour), l’utilisation du fil dentaire et les visites chez le dentiste contribuent indirectement à la santé digestive. Les détartrages dentaires professionnels et les traitements des maladies parodontales sont également essentiels pour la santé générale. Surveillez également l'aspect de votre langue.

Voir aussi l'article : Le dentifrice perturbe-t-il le microbiote buccal ?

10. Arrêtez de fumer

Le tabac altère fortement la composition du microbiote buccal et intestinal, en réduisant la diversité des bonnes bactéries et en augmentant l’inflammation. Il peut favoriser l’apparition de troubles digestifs (reflux, douleurs, inflammations), mais aussi affaiblir l’efficacité du système immunitaire intestinal.

Une étude publiée dans Microorganisms (2020) montre qu’après l’arrêt du tabac, le microbiote commence à se rééquilibrer naturellement en quelques semaines.

Consultez un médecin

Si vous ressentez un inconfort digestif persistant ou des symptômes inhabituels, n’hésitez pas à en parler à votre médecin. Il pourra vous aider à faire le point sur l’état de votre flore intestinale et vous guider vers les solutions adaptées.

FAQ : Améliorer son microbiote

Comment savoir si mon microbiote intestinal est déséquilibré ?
Certains signes peuvent évoquer une dysbiose : troubles digestifs (ballonnements, diarrhée, constipation), fatigue, infections fréquentes ou problèmes de peau. Mais ces symptômes sont peu spécifiques et nécessitent l'avis d'un médecin.

Combien de temps faut-il pour améliorer son microbiote ?
Des changements positifs peuvent être observés en seulement 2 à 4 semaines en adoptant une alimentation riche en fibres et en aliments fermentés. Cependant, une amélioration durable et profonde de la diversité bactérienne nécessite plusieurs mois de changements constants dans l'alimentation et le mode de vie.

Faut-il prendre des probiotiques en complément alimentaire ?
Les compléments en probiotiques peuvent être utiles dans certaines situations précises, notamment après une cure d'antibiotiques ou en cas de troubles digestifs avérés. Mais leur efficacité dépend de la souche proposée. Ils ne remplacent pas une alimentation riche en fibres et variée, qui reste la base.

Le microbiote peut-il se réparer après une cure d'antibiotiques ?
Oui, le microbiote intestinal peut se réparer après un traitement antibiotique. La récupération se fait en quelques semaines à plusieurs mois. Toutefois, certaines bactéries peuvent disparaître durablement. Une alimentation riche en fibres et parfois des probiotiques peuvent aider pendant et après l'antibiothérapie (un avis médical est recommandé). 

Les tests du microbiote sont-ils fiables ? 
Les tests du microbiote mesurent la quantité et les types de micro-organismes (bactéries, virus) présents dans votre intestin à partir d'un échantillon de selles. A l'heure actuelle, il n’existe pas de définition scientifiquement étayée de ce qu'est un microbiote « sain », ce qui rend les résultats difficiles à interpréter. Discutez avec votre médecin de l'intérêt d'un tel test.

Voir aussi l'article : Santé intestinale : les tests du microbiote sont-ils fiables ?

Voir aussi l'article : Greffe de selles : procédure, avantages et inconvénients

Sources

      • Harvard Health Publishing – 5 simple ways to improve gut health
        health.harvard.edu
      • Journal of Experimental Biology – Early-life effects of juvenile Western diet and exercise
        journals.biologists.com
      • News Medical – Exercise shapes our gut health, study finds (2024)
        news-medical.net
      • Institute for Functional Medicine – Gut stress changes gut function
        ifm.org
      • University of Cambridge – Feeding your good gut bacteria through fibre may boost body against infections
        cam.ac.uk
      • iScience / Cell Press – Étude sur les aliments fermentés et la diversité du microbiote (2024)
        cell.com
      • PubMed Central / NCBI – Polyphénols et microbiote intestinal
        pmc.ncbi.nlm.nih.gov
      • BMJ General Psychiatry – Méditation et composition du microbiote intestinal (2023)
        gpsych.bmj.com
      • Science Advances – Biodiversité environnementale et microbiote humain (2020)
        science.org
      • Revue Médicale Suisse – Tabagisme et système digestif : microbiote intestinal et tabagisme (2015)
        revmed.ch

      auteur : Olivia Regout - journaliste santé

      Dernière mise à jour: avril 2026

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