Dysbiose intestinale : 12 signes d'un microbiote déséquilibré

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Ballonnements, diarrhée, douleurs abdominales, fatigue… Ces symptômes sont parfois associés à ce que les scientifiques appellent une dysbiose intestinale. Mais contrairement à ce que l'on peut entendre parfois, il n'existe pas de symptôme spécifique permettant de diagnostiquer à lui seul un déséquilibre du microbiote.

Les recherches montrent néanmoins que certains signes reviennent fréquemment chez les personnes présentant une altération de leur microbiote intestinal. Voici lesquels.

Qu'est-ce que la dysbiose intestinale ?

Notre intestin abrite un véritable écosystème composé de milliers d'espèces de micro-organismes. Ensemble, ils forment le microbiote intestinal : un ensemble complexe de bactéries, virus, levures, protistes et archées. Chaque personne adulte héberge en moyenne 160 espèces bactériennes différentes parmi les 1000 identifiées à ce jour.

Chez un adulte en bonne santé, cet écosystème est extrêmement diversifié. Les différents micro-organismes cohabitent en équilibre et participent à de nombreuses fonctions essentielles :

  • la digestion des aliments,
  • la production de certaines vitamines,
  • la protection contre les microbes pathogènes,
  • la régulation du système immunitaire (on estime qu'il influence 70 à 80 % de notre immunité),
  • le maintien de l'intégrité de la paroi intestinale, formant une barrière contre les agents extérieurs,
  • la communication permanente avec le cerveau via l'axe intestin-cerveau.

On parle de dysbiose lorsque cet équilibre est rompu. Certaines bactéries bénéfiques diminuent, des micro-organismes potentiellement nuisibles deviennent plus nombreux ou la diversité du microbiote s'appauvrit.

Ce déséquilibre peut favoriser une inflammation de bas grade et perturber le fonctionnement normal de l'intestin. Mais, son impact dépasse aussi largement la fonction intestinale.

Pourquoi les symptômes de la dysbiose sont-ils difficiles à reconnaître ?

La dysbiose n'est pas une maladie officiellement définie comme le diabète ou l'asthme. Les symptômes qui lui sont associés sont souvent peu spécifiques et peuvent également être observés dans d'autres troubles digestifs, notamment le syndrome de l'intestin irritable.

C'est pourquoi les spécialistes considèrent généralement la dysbiose comme une piste à explorer plutôt qu'un diagnostic basé uniquement sur les symptômes. Ils ont toutefois identifié plusieurs symptômes qui reviennent régulièrement dans les études. 

12 signes possibles d’une dysbiose intestinale

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© Getty Images - Ballonnements, ventre gonflé, excès de gaz, douleurs abdominales sont associés à la dysbiose intestinale.

1. Des ballonnements fréquents

Le ballonnement abdominal est l'un des symptômes les plus souvent rapportés dans la littérature scientifique. Après les repas, certaines personnes ressentent une sensation de ventre gonflé, parfois accompagnée d'une tension abdominale inconfortable. Une fermentation excessive de certains aliments par les bactéries intestinales pourrait expliquer ce phénomène.

2. Un excès de gaz

Flatulences plus fréquentes, éructations ou sensation de gaz coincés dans l'abdomen peuvent également refléter un déséquilibre du microbiote. Lorsque certaines bactéries deviennent dominantes, elles produisent davantage de gaz lors de la digestion des glucides.

3. Des douleurs abdominales récurrentes

Une gêne digestive répétée, des crampes ou des douleurs abdominales inexpliquées figurent parmi les symptômes les plus fréquemment observés dans les études sur la dysbiose.

4. Une diarrhée récurrente

La diarrhée est l'une des manifestations les plus souvent associées à une perturbation du microbiote. Elle peut notamment apparaître après une infection digestive ou un traitement antibiotique.

5. Une constipation inhabituelle

Chez certaines personnes, le déséquilibre du microbiote est au contraire associé à un ralentissement du transit intestinal. Une modification durable du rythme des selles mérite d'être discutée avec un professionnel de santé.

6. Une alternance entre diarrhée et constipation

Ce phénomène est particulièrement fréquent chez les personnes souffrant du syndrome de l'intestin irritable, une affection dont les liens avec le microbiote sont aujourd'hui largement étudiés.

Voir aussi l'article : Selles qui flottent dans les toilettes, bonne ou mauvaise nouvelle ?

7. Une sensibilité accrue à certains aliments

Certaines personnes présentant une dysbiose rapportent une moins bonne tolérance à certains produits qu’ils supportaient sans difficultés auparavant, notamment :

  • les aliments riches en fibres fermentescibles,
  • certaines légumineuses,
  • certains produits laitiers,
  • certains fruits.

8. Une fatigue persistante

Vous dormez suffisamment mais vous vous sentez malgré tout fatigué ? Certaines études ont observé que les personnes présentant un déséquilibre du microbiote rapportent plus souvent une fatigue chronique.

Une hypothèse avancée par les chercheurs est qu'un microbiote perturbé pourrait favoriser une inflammation de faible intensité dans l'organisme. Cette inflammation pourrait contribuer à une sensation de fatigue durable. Cependant, ce lien reste encore à l'étude et ne permet pas d'expliquer à lui seul une fatigue persistante.

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© Getty Images - Une dysbiose intestinale perturbe l'axe intestin-cerveau et peut déclencher de la fatigue, des troubles de la concentration ou de l'humeur.

9. Un brouillard mental (« brain fog »)

Difficulté à se concentrer, baisse de l'attention, sensation de fatigue mentale : certaines personnes décrivent ce que l'on appelle communément un « brouillard mental ».

Ce symptôme a été rapporté dans plusieurs études portant sur les déséquilibres du microbiote intestinal. Les scientifiques s'intéressent de plus en plus aux interactions entre l'intestin et le cerveau, mais les mécanismes en jeu restent encore largement à étudier.

10. Des changements d'humeur

Des symptômes tels que l'anxiété, l'irritabilité ou certains troubles du sommeil ont également été associés à des modifications du microbiote intestinal dans plusieurs publications scientifiques. Là encore, les chercheurs parlent d'associations plutôt que de relations de cause à effet clairement démontrées.

Voir aussi l'article : L’axe intestin-cerveau (AIC) : crucial pour l’humeur et le comportement

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© Getty Images - Un déséquilibre du microbiote peut aggraver des affections cutanées comme l'acné, l'eczéma ou le psoriasis.

11. Des problèmes de peau

Le microbiote intestinal pourrait également influencer la santé de la peau.

Certaines recherches suggèrent des associations entre dysbiose et :

  • acné,
  • eczéma,
  • dermatite atopique,
  • certaines maladies inflammatoires de la peau (psoriasis).

Ces liens restent toutefois complexes (inflammation, immunité, carences...) et sont encore en cours d'étude.

12. Une mauvaise haleine ou des problèmes bucco-dentaires

On oublie souvent que le corps abrite plusieurs microbiotes.

Chez certaines personnes, un déséquilibre microbien peut également s'accompagner :

  • d'une mauvaise haleine persistante,
  • de saignements des gencives,
  • d'un risque accru de caries.

Ces symptômes relèvent davantage d'une dysbiose buccale, mais ils peuvent parfois coexister avec des déséquilibres touchant d'autres microbiotes.

Voir aussi l'article : Microbiote buccal : comment impacte-t-il notre santé ?

Quels sont les principaux facteurs de risque d'une dysbiose intestinale ?

Plusieurs éléments peuvent favoriser une dysbiose intestinale :

  • les traitements antibiotiques (ils réduisent la diversité microbienne de 25 à 30 % dès la première cure),
  • certaines infections digestives,
  • une alimentation riche en produits ultra-transformés, en sucres ajoutés et en graisses saturées,
  • une alimentation pauvre en fibres,
  • le stress chronique,
  • le tabagisme,
  • la consommation excessive d'alcool,
  • certains médicaments, notamment les inhibiteurs de la pompe à protons (IPP) dont le risque de perturbation du microbiote est aujourd'hui bien documenté,
  • un manque de sommeil : même deux nuits consécutives perturbées suffisent à modifier la composition du microbiote, dont les bactéries suivent un rythme circadien,
  • la sédentarité : elle induit un appauvrissement du microbiote intestinal, contrairement à l'activité physique qui améliore la diversité bactérienne des intestins,
  • les expositions environnementales : pesticides, métaux lourds et microplastiques sont de plus en plus étudiés comme perturbateurs de l'écosystème intestinal. 

Dans la plupart des cas, plusieurs facteurs interviennent simultanément. 

Peut-on confirmer une dysbiose par un test ?

À l'heure actuelle, il n'existe pas de test de référence permettant de diagnostiquer avec certitude une dysbiose intestinale.

Selon les symptômes, le médecin peut demander :

  • des analyses de selles, 
  • un test respiratoire à l'hydrogène ou au méthane, 
  • des examens complémentaires afin d'écarter d'autres maladies digestives.

De nombreux tests commerciaux d'analyse du microbiome par séquençage des selles sont aujourd'hui proposés directement aux particuliers. Leur utilité clinique reste très limitée et ils ne sont pas recommandés en dehors d'un contexte de recherche. La composition du microbiote varie considérablement d'un individu à l'autre et dans le temps, ce qui rend l'interprétation des résultats difficile sans référence validée. 

Voir aussi l'article : Santé intestinale : les tests du microbiote sont-ils fiables ?

Peut-on soigner une dysbiose intestinale ?

Le microbiote possède une certaine capacité de récupération, que les scientifiques appellent sa résilience. Pour favoriser cet équilibre, les spécialistes recommandent généralement :

  • une alimentation riche en fruits, légumes et autres sources de fibres, 
  • une plus grande diversité alimentaire, 
  • la consommation d'aliments fermentés comme le yaourt, le kéfir ou la choucroute, 
  • une réduction des produits ultra-transformés, 
  • une meilleure gestion du stress, 
  • l'arrêt du tabac et la limitation de l'alcool.

Dans certaines situations, un professionnel de santé peut également proposer l'utilisation de certaines souches de probiotiques, notamment après un traitement antibiotique ou dans certains troubles digestifs spécifiques.

Voir aussi l'article : 10 conseils pour améliorer son microbiote intestinal

Conclusion

  1. La dysbiose intestinale correspond à un déséquilibre du microbiote. Lorsqu'il est déséquilibré, les signaux envoyés par l'organisme sont variés et peu spécifiques. 
  2. Les symptômes les plus souvent rapportés sont les ballonnements, les gaz, les douleurs abdominales et la diarrhée.
  3. D'autres manifestations, comme la fatigue, les troubles de la concentration ou certaines atteintes cutanées, ont également été associées à la dysbiose dans plusieurs études.
  4. Ces liens restent souvent des associations (pas des causalités établies) et la dysbiose demeure un phénomène complexe, encore activement exploré.
  5. Face à des symptômes persistants et inexpliqués, la consultation d'un professionnel de santé reste la seule démarche fiable.

Sources : 
https://www.biocodexmicrobiotainstitute.com
https://my.clevelandclinic.org
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov
https://www.fmcgastro.org
https://www.inserm.fr
https://www.healthline.com

auteur : Olivia Regout - journaliste santé

Dernière mise à jour: juin 2026

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