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Le microbiote pulmonaire : la clé d'une bonne santé respiratoire ?

Dans cet article

Qu’est-ce que le microbiote pulmonaire ?
Les 5 microbiotes du corps humain
Microbiote pulmonaire et système immunitaire
Déséquilibre du microbiote pulmonaire et maladies respiratoires
Causes d’un déséquilibre du microbiote pulmonaire
Vers des espoirs de traitements
Que pouvons-nous faire au quotidien pour prendre soin de son microbiote pulmonaire ?

dossier

Longtemps considérés comme stériles, les poumons abritent en réalité une communauté complexe de micro-organismes – bactéries, virus, champignons, archées – appelée microbiote pulmonaire. Cet écosystème n’est pas là par hasard : il joue un rôle essentiel dans le maintien de la santé respiratoire et de l’immunité, à l’image du microbiote intestinal.

Qu’est-ce que le microbiote pulmonaire ?

Le microbiote pulmonaire désigne l’ensemble des bactéries, virus, champignons et archées non pathogènes qui vivent dans nos poumons, et plus particulièrement dans nos bronches.

Sa population est moins dense que celle du microbiote intestinal ou buccal, mais elle se distingue par une grande diversité microbienne, essentielle au maintien d’une bonne santé respiratoire. Cette biodiversité permet notamment de réguler le système immunitaire local et de protéger les poumons contre les agents pathogènes.

Une particularité surprenante : chez une personne en bonne santé, environ la moitié des bactéries pulmonaires sont anaérobies, c’est-à-dire qu’elles se développent en l’absence d’oxygène. Ces micro-organismes proviennent souvent d’autres microbiotes, comme l’intestin ou la cavité buccale.

Les poumons sont ainsi colonisés en permanence par des bactéries provenant de multiples « réservoirs » – bouche, plaque dentaire, intestin, air ambiant – tandis qu’ils en éliminent une partie par la toux, l’expectoration de mucus ou grâce au système immunitaire. Ce flux constant d’entrée et de sortie des micro-organismes maintient un équilibre délicat qui contribue à la santé respiratoire.

Les 5 microbiotes du corps humain

À ce jour, la recherche a identifié 5 microbiotes principaux dans le corps humain. Chacun est propre à une zone spécifique, mais ces écosystèmes seraient intimement connectés.

Le microbiote intestinal : présent dans les intestins, il est considéré comme la « star » des microbiotes. Il abrite la communauté microbienne la plus nombreuse. Il joue un rôle central dans la digestion, le métabolisme et l’immunité.
Le microbiote buccal et nasopharyngé : présent dans la bouche, la gorge et le nez, il constitue la première barrière contre les pathogènes qui pénètrent dans notre organisme. Il joue un rôle essentiel dans la protection de notre bouche (caries, gingivites, parodontites). Il protège contre les infections respiratoires et influence le microbiote pulmonaire.
Le microbiote cutané : présent sur la peau, il forme une barrière contre les organismes pathogènes, maintient le pH de la peau et participe à la cicatrisation.
Le microbiote vaginal : présent dans le vagin, il protège le vagin contre la prolifération de bactéries et de levures pathogènes, contribuant à la santé reproductive et à l’équilibre hormonal.
Le microbiote pulmonaire : présent dans les poumons, il participe à la protection contre les infections respiratoires, à la régulation du système immunitaire local et à la santé générale des voies respiratoires.

Chaque microbiote interagit avec les autres : certaines bactéries présentes dans l’intestin peuvent influencer la santé des poumons grâce à ce que les chercheurs appellent l’axe intestin-poumon. Cela montre que notre organisme fonctionne comme un écosystème unique, où les différents microbiotes sont interconnectés et s'influencent mutuellement.

Microbiote pulmonaire et système immunitaire

Comme le microbiote intestinal, le microbiote pulmonaire joue un rôle clé dans le développement et le bon fonctionnement du système immunitaire.

Dès les premières semaines de vie, il apprend à notre corps à tolérer certains allergènes et à éviter que nos poumons ne s’enflamment trop facilement.

En occupant l’espace et en produisant des substances antimicrobiennes, ces microbes vont également empêcher les agents pathogènes de s’installer et protéger ainsi nos voies respiratoires au quotidien.

Des expériences menées sur des animaux ont montré que transférer un microbiote pulmonaire « déséquilibré » chez un individu sain peut provoquer une inflammation des poumons, similaire à celle observée chez les personnes atteintes de BPCO. Cela démontre que la composition des microbes dans nos poumons influence directement leur santé.

Voir aussi l'article : 75 pour cent de notre système immunitaire se trouve dans l’intestin

Déséquilibre du microbiote pulmonaire et maladies respiratoires

Il existe une corrélation entre le déséquilibre du microbiote pulmonaire, appelé dysbiose, et plusieurs maladies respiratoires, telles que l’asthme, la BPCO (bronchopneumopathie chronique obstructive), la fibrose pulmonaire, la mucoviscidose ou encore les pneumonies sévères.

Dans ces conditions, on observe souvent :

une baisse de la diversité microbienne,
une diminution des bactéries anaérobies,
et la prolifération de bactéries pathogènes.

Cependant, il n’est pas clair si la dysbiose cause directement la maladie ou si elle est une conséquence de l’inflammation des poumons, des traitements ou des infections pulmonaires associés à ces maladies. Les recherches suggèrent néanmoins que le déséquilibre du microbiote des poumons peut aggraver ces maladies, en favorisant l’inflammation et en réduisant la capacité des poumons à se défendre contre les pathogènes.

Des études ont également démontré qu’un déséquilibre du microbiote à un âge précoce augmentait le risque de maladies respiratoires comme l’asthme.

Voir aussi l'article : Asthme chez l’enfant : quels symptômes ?

Causes d’un déséquilibre du microbiote pulmonaire

La bonne santé du microbiote pulmonaire — c’est-à-dire une composition diversifiée de micro-organismes bénéfiques — peut être perturbée par plusieurs facteurs :

le tabac, qui réduit la diversité bactérienne et irrite les voies respiratoires,
la pollution de l’air, qui peut altérer l’intégrité des voies respiratoires et modifier le microbiote.
la prise d’antibiotiques, qui peut diminuer non seulement les bactéries pathogènes mais aussi les bactéries bénéfiques dans tout l’organisme,
les infections respiratoires, comme la grippe, qui éliminent certaines bactéries protectrices et favorisent la prolifération de micro-organismes nuisibles.
un microbiote intestinal déséquilibré peut aussi affecter la santé des poumons, car les bactéries et leurs produits peuvent voyager entre ces deux organes (via l’axe intestin-poumon). Inversement, améliorer le microbiote intestinal pourrait aider à protéger les poumons.

Voir aussi l'article : 10 conseils pour booster son microbiote naturellement

Voir aussi l'article : Ces substances du quotidien qui sont toxiques pour vos poumons

Vers des espoirs de traitements

Actuellement, les scientifiques explorent des stratégies thérapeutiques visant à restaurer un microbiote pulmonaire sain, notamment par l’utilisation de probiotiques (bactéries bénéfiques) et de prébiotiques (substances favorisant la croissance de ces bactéries). L’objectif est de moduler le microbiote pour prévenir ou traiter certaines maladies respiratoires.

Le projet Phenomenon, mené en France, étudie l’utilisation de bactéries commensales comme probiotiques pour rééquilibrer le microbiote pulmonaire et améliorer la guérison des patients atteints de pneumonies. Ces bactéries pourraient être administrées par voie orale ou inhalée, ouvrant la voie à des thérapies ciblées et personnalisées.

À terme, ces recherches pourraient permettre d’identifier des bactéries protectrices spécifiques, dont la présence avant ou pendant une infection pourrait prévenir les complications et améliorer le pronostic des patients, en particulier chez les personnes âgées ou vulnérables. Elles pourraient également guider le développement de traitements plus sûrs, limitant l’usage systématique d’antibiotiques et la sélection de bactéries résistantes.

Voir aussi l'article : Quels vaccins contre la pneumonie chez l’enfant et l’adulte

Que pouvons-nous faire au quotidien pour prendre soin de son microbiote pulmonaire ?

Bien que le microbiote pulmonaire soit influencé par des facteurs tels que l’environnement et la génétique, certaines habitudes de vie peuvent favoriser un microbiote sain :

Arrêtez le tabac : le tabagisme perturbe la composition du microbiote pulmonaire.
Limitez l’exposition à la pollution de l’air : les polluants peuvent altérer la diversité microbienne pulmonaire.
Évitez les infections respiratoires grâce aux vaccins : VRS, grippe, Covid-19, pneumocoque, Hib…
Adoptez une alimentation équilibrée : une bonne nutrition soutient la santé du microbiote intestinal, influençant indirectement le microbiote pulmonaire.
Faites de l’exercice régulièrement : l’activité physique favorise la santé générale et pourrait soutenir un microbiote pulmonaire équilibré.
Passez du temps en pleine nature (forêt, bord de mer, campagne) : l'air de la nature peut avoir des effets bénéfiques sur notre microbiote respiratoire. Marcher en forêt, jardiner, avoir un contact avec la terre ou les animaux de compagnie enrichit la flore microbienne de la peau, des poumons et des intestins.
Limitez l’usage inutile d’antibiotiques : ces traitements peuvent détruire non seulement les bactéries pathogènes, mais aussi celles qui protègent le microbiote.