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Le microbiote intestinal est trop souvent réduit à la flore bactérienne. Or, d’autres micro-organismes le peuplent, notamment les virus. Mais quel est leur rôle ?
De très nombreuses recherches ont mis en évidence l’importance des bactéries intestinales dans le fonctionnement de notre organisme, pour la digestion mais à distance aussi. On ignore souvent que des virus sont également présents dans le microbiote, où ils participent à des interactions « particulièrement actives », selon les termes de cette équipe française (Inra). En fait, « ils sont beaucoup plus actifs que ce que l’on pensait et il est nécessaire de les prendre en compte dans l’étude de la dynamique du microbiote intestinal ».
Les chercheurs expliquent que la plupart des bactéries intestinales hébergent dans leur génome (leur matériel génétique) un ou plusieurs virus dans un état « dormant », ce qu’on appelle des « bactériophages (ou phages) tempérés ». Ceux-ci interviennent dans le renouvellement et l’évolution des populations bactériennes. Ils peuvent se « réveiller », détruire leur hôte et aller infecter d’autres bactéries alentour, qu’ils détruisent immédiatement ou dans lesquelles, à nouveau, ils plongent dans un état dormant. Les spécialistes ont analysé ces mécanismes sur un modèle animal, des souris dont le tube digestif n’était peuplé que de deux souches de la bactérie Escherichia coli (E. coli), l’une infectée par un virus, l’autre non.
A ce stade, de nombreuses questions se posent. Dans quel but les bactéries et les virus interagissent-ils, et surtout avec quelles conséquences pour le microbiote (et le délicat point d’équilibre de la flore digestive) ? Les phages sont-ils des sortes de « pilotes » de ce système, et en tout cas des déterminants importants, pour ne pas dire essentiels ? Quels sont les impacts sur la santé humaine ? Le champ de recherches est aussi vaste que fascinant.
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